En un futuro donde la frontera entre el ser humano y la máquina casi ha desaparecido, la mayor Motoko Kusanagi, una agente cibernética de élite de la Sección 9, persigue a un misterioso hacker conocido como “Puppet Master”. Mientras la investigación avanza entre conspiraciones gubernamentales, redes digitales y terrorismo tecnológico, Motoko comenzará a cuestionarse la naturaleza de su propia existencia, en una inquietante reflexión sobre la identidad, la conciencia y el alma en la era de las máquinas.