Tras pasar 14 años sellado en órbita con la Unidad-01, Shinji es devuelto a la Tierra por Misato, Asuka, Mari y compañía y despierta en el acorazado gigante AAA Wunder de la organización WILLE, fundada por Misato para hacer frente a NERV. Confundido e incapaz de comprender la situación, descubre que los que antes eran sus amigos ahora desconfían de él, los EVAs son el enemigo y Rei está desaparecida. Sin embargo, cuando Shinji escucha la voz de Rei en el EVA Mark.09, que ha lanzado un ataque sorpresa contra WILLE, abandona el Wunder para dirigirse a NERV. Allí conoce al enigmático Kaworu Nagisa, quien le revela el devastador estado en el que se encuentra la Tierra después de que su intento de rescatar a Rei hace 14 años casi provocara el Tercer Impacto.