Después de dos años y medio de viaje de entrenamiento con Jiraiya, Naruto regresa a la Villa Oculta de la Hoja algo más maduro, pero igual de escandaloso e impulsivo que siempre. Todos sus antiguos compañeros y profesores de la Academia Ninja han cambiado, Sakura es ahora médico ninja y Kakashi, bueno, sigue siendo Kakashi. Dispuesto a mostrar todo lo que ha aprendido, Naruto es emparejado con Sakura en un combate contra Kakashi, quien queda impresionado con sus progresos. Y pronto podrá poner a prueba sus habilidades porque llegan noticias de que Gaara, antiguo rival de Naruto y ahora Kazekage de la Villa Oculta de la Arena, ha sido secuestrado. Los responsables son el mismo grupo que va tras el zorro de nueve colas de Naruto… ¡los Akatsuki!