Afectado por el Segundo Impacto, el Cuarto Ángel ataca Tokio-3 y la humanidad queda en manos de la agencia NERV. El joven Shinji Ikari se ve obligado a pilotar el EVA-01. Tendrá que luchar junto a Rei Ayanami, piloto del EVA-00, pero el Sexto Ángel daña al EVA-01. Misato Katsuragi condensa toda la electricidad de Japón en el cañón de positrones del EVA-01 para derrotar al Ángel.