En el Japón de la era Meiji, Himura Kenshin es un antiguo asesino legendario conocido como Battosai el Destajador, que durante la guerra ayudó a derrocar al shogunato. Tras el conflicto, desaparece y se convierte en un rurouni, un samurái errante que ha jurado no volver a matar y que lleva una espada de filo invertido. Su camino le lleva hasta Tokio, donde conoce a Kaoru Kamiya, joven maestra de un dojo de kendo que está siendo amenazado por un impostor que utiliza el nombre de Battosai. Kenshin decide ayudarla y termina instalándose en el dojo, donde también conocerá al joven Yahiko y al luchador Sanosuke.

Mientras intenta proteger a los demás sin volver a quitar una vida, Kenshin deberá enfrentarse a antiguos enemigos y a los fantasmas de su pasado, en una época de grandes cambios en Japón. Una historia de acción, aventuras, amistad y romance sobre la redención de un hombre que busca expiar su sangriento pasado y encontrar un nuevo sentido a su vida.