En la época feudal japonesa, el periodo Edo instauró una delicada paz que se consiguió con violencia y sangre. Jubei Kibagami es un ninja a sueldo que vaga por los caminos en busca de la poderosa Piedra del Dragón protegida por el clan Hiruko, condenado a vivir y morir en la oscuridad. Jubei tendrá que luchar contra el clan Kimon, inclinado a revivir el poder de Toyotomi, que desea conseguir por todos los medios la Piedra del Dragón.