Tres años después de los acontecimientos de Patlabor, la segunda sección debe investigar un nuevo y terrible hecho: la voladura del puente de la bahía de Yokohama. Las diferentes fuerzas políticas , militares y sociales se acusan mutuamente de querer provocar el caos en todo japón. El estallido de una nueva guerra civil en Japón es sólo cuestión de tiempo.