En un futuro cercano La Unión Interplanetaria , establecida por las diferentes naciones, fundó la Academia Galáctica, el centro de enseñanza más importante de la galaxia. La academia se encarga de educar a los pilotos espaciales de la nueva era. Una de las citas más importantes es el examen de admisión que se celebra cada 3 años, al que muchos estudiantes de todos los planetas se presentan. Tadatos Lain, de La Tierra, consigue llegar a la última fase del examen después de pasar por enormes y difíciles pruebas. Su sueño es convertirse en el mejor piloto espacial del universo. La última prueba consiste en sobrevivir durante 53 dias en una nave espacial. Pero algo extraño ha sucedido. Normalmente los grupos suelen ser de 10 pasajeros. Pero en esta nave, llamada «La Esperanza», hay 11 tripulantes. ¿Quién es el 11º Pasajero?