Naota es un muchacho normal y corriente que vive en una ciudad normal y corriente. Lo único extraordinario en su vida es estar junto a Mamimi, la ex-novia de su hermano mayor. Nada rompe su monótona existencia… hasta que un dia aparece una chica llamada Hakuro. A partir de entonces su vida se convierte en una auténtica locura: es atropellado, besado, acosado, golpeado, multado… Y todo por culpa del enigmático FLCL. Pero… ¿Qué es el FLCL?