En marzo de 2029 tiene lugar el peor atentado terrorista desde la Cuarta Guerra Mundial cuando el virus conocido como Fire Starter se extiende por la red resultando en el asesinato del Primer Ministro de Japón. Entre las víctimas colaterales también se encuentra la Teniente Coronel Kurtz, antigua superior de la Mayor Motoko Kusanagi. cuyo equipo de élite de agentes especializados en crímenes cibernéticos e informáticos es designado para rastrear el virus hasta su fuente. A medida que se van adentrando en la investigación. descubren indicios de corrupción en el gobierno, así como un misterioso broker con un rostro que resulta demasiado familiar.