En un futuro lejano la Tierra está sumida en una dictadura de políticos incompetentes y corruptos. De la sociedad que vive sumisa, surge un grupo de rebeldes que se alza contra la clase dirigente. Entre ellos está Harlock. La clase política reacciona prohibiendo los vuelos de aeronaves que no estén bajo su control, pero Harlock, al igual de otros grandes piratas rebeldes que colaboran con él, como Queen Emeraldas o su hermana Maetel, surca el mar de estrellas en la Arcadia, la nave estelar construida por Tochiro, el mejor amigo de Harlock.