En un futuro marcado por una catástrofe mundial conocida como el Segundo Impacto, la humanidad se enfrenta a una nueva amenaza: unos misteriosos seres gigantes denominados Ángeles, cuyo objetivo parece ser la destrucción de la raza humana. La única esperanza para detenerlos reside en los Evangelion, unas gigantescas unidades biomecánicas pilotadas por jóvenes elegidos.

Shinji Ikari, un adolescente introvertido, es reclutado por la organización NERV para pilotar el EVA-01 bajo las órdenes de su distante padre. Junto a Rei Ayanami y Asuka Langley, deberá combatir a los Ángeles mientras intenta comprender su propio pasado, sus sentimientos y el verdadero propósito de los Evangelion.

Pero tras la batalla por la supervivencia de la humanidad se esconde un oscuro secreto que podría cambiar para siempre el destino del mundo.